مأموریت‌های مرکز:
1- تولید دانش روا و مناسب در زمینۀ علوم اسلامی با گرایش پزشکی؛
2- تربیت نیروی انسانی متخصص در زمینۀ علوم قرآن و حدیث؛
3- انجام تحقیقات بنیادی در زمینه‌های علوم پایۀ پزشکی و علوم بالینی؛
4- انجام پژوهش‌های بنیادی در زمینۀ دستورهای بهداشتی و درمانی و آموزش پزشکی؛
5- انجام پژوهش‌های تخصصی در زمینۀ علم احادیث و روایات منصوب به ائمۀ معصومین (ع)؛
6- انجام پژوهش‌های بنیادی در زمینۀ بیماری‌های خاص (پیشگیری، تشخیص و درمان)؛
7- برگزاری دوره‌های آموزشی کوتاه‌مدت و بلندمدت و تشکیل کارگاه‌های آموزشی و پژوهشی؛
8- طراحی و اجرای طرح‌های مداخله‌ای در جامعه؛
9- ساده‌کردن علوم پزشکی برای آحاد جامعه
10- نیازسنجی پژوهشی و کاربردی؛
11- اطلاع‌رسانی و انتشار مطالب و نتایج تحقیقات؛
12- اشاعۀ فرهنگ بهره‌وری؛
13- ارائۀ مشاوره به مسئولان بهداشت، درمان و آموزش پزشکی در تمامی زمینه‌های بهداشتی، درمانی و آموزشی منطبق با آموزه‌های دینی؛
14- ارائۀ خدمات مشاوره‌ای و اجرایی به سازمان‌های بین‌المللی و همچنین سازمان‌های مردم‌نهاد (NGO) داخلی و خارجی؛
15- گسترش همکاری‌های علمی - پژوهشی درون‌بخشی و فرابخشی؛
16- مشارکت‌دادن اعضای هیئت علمی در تصمیم‌سازی پژوهشی کشور؛
17- اعطای بورس‌های تحصیلی، فرصت‌های مطالعاتی و فلوشیپ به پژوهشگران و اعضای هیئت علمی مرکز؛
18- جذب بودجه‌های پژوهشی سازمان‌های داخلی و بین‌المللی؛
19- هدف‌دار کردن مسیر تحقیقات کشور؛
20- ترجمه و تدوین کتب آموزشی.